ESCAPE: assigning site-specific activity to covalent ligands in cells by prime editing
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Chemical proteomics has identified covalent ligands targeting cysteine residues across many hundreds of human proteins. The functional effects of these liganding events, however, remain challenging to assign at scale. Here we describe ESCAPE (Endogenous Site-specific Competition Assays using Prime Editors), a platform for the site-resolved functional analysis of covalent ligands in cells. In this method, cysteine-to-serine substitutions are generated by prime editing to abrogate covalent ligand-protein interactions, and the impact of these edits on ligand-induced cellular phenotypes is quantified through allele frequency-based resistance scores. Applied to ligandable cysteines mapped by activity-based protein profiling in 50+ proteins, ESCAPE identified multiple covalent ligand-protein interactions that impair cancer cell growth, including azetidine butynamides that target a non-orthosteric cysteine in the RNA helicase DDX49 to disrupt 18S rRNA processing, 40S ribosome assembly, and protein synthesis. ESCAPE thus provides a scalable framework for the functional characterization of covalent ligands targeting structurally and mechanistically diverse proteins.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- ESCAPE: assigning site-specific activity to covalent ligands in cells by prime editing
- Date Crossref
- 29/07/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Scripps Research Institute Department of Chemistry pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of California San Diego Department of Cellular and Molecular Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Scripps Institution of Oceanography pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Harvard University Department of Chemistry and Chemical Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Integrative Structural and Computational Biology pays non établi dans la noticeInstitution
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Merkin Institute of Transformative Technologies in Healthcare pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Department of Chemistry — Scripps Research Institute, Department of Cellular and Molecular Medicine — University of California San Diego et Scripps Institution of Oceanography, avec 5 autres affiliations.
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