Peer Review Report For: On the limits of inferring biophysical parameters of RBP-RNA interactions from in vitro RNA Bind’n Seq data [version 3; peer review: 2 approved, 1 approved with reservations, 1 not approved]
Rattachement africain : ch. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
We develop a thermodynamic model describing the binding of RNA binding proteins (RBP) to oligomers in vitro . We apply expectation-maximization to infer the specificity of RBPs, represented as position-specific weight matrices (PWMs), by maximizing the likelihood of RNA Bind’n Seq data from the ENCODE project. 1 Analyzing these public data we find sequence motif that can partly explain the data for more than half of the studied 111 RBPs, and for 48 of the proteins these motifs are consistent with the known specificity. Our code is publicly available, 2 facilitating analysis of RBP binding data.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Peer Review Report For: On the limits of inferring biophysical parameters of RBP-RNA interactions from in vitro RNA Bind’n Seq data [version 3; peer review: 2 approved, 1 approved with reservations, 1 not approved]
- Date Crossref
- 20/07/2026
- Éditeur
- F1000 Research Ltd
- Type
- peer-review
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Où se fait cette recherche
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University of Basel pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Biozentrum pays non établi dans la noticeInstitution
University of Basel et Biozentrum.
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