Peer Review Report For: The complete and annotated mitochondrial genome of Hemileia vastatrix Race I, causal agent of coffee leaf rust [version 2; peer review: 2 approved]
Rattachement africain : fr, Kenya, co. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Hemileia vastatrix is the fungal pathogen responsible for coffee leaf rust (CLR), the most economically important disease of Coffea arabica worldwide. Recently, the nuclear genome of this fungus was completely deciphered. However, the mitochondrial genome of H. vastatrix has remained undercharacterized. Here, we present the complete, circularized mitochondrial genome of H. vastatrix Race I (isolate HvRI), assembled using a hybrid approach combining PacBio HiFi long reads and BGIseq short reads. The genome is 173,525 bp in length with a GC content of 33.1% and encodes 41 functional genes, including 15 protein-coding genes, 2 rRNAs, and 24 tRNAs. The assembly reveals significant structural complexity, driven by intron expansion in the cox1 and cob genes. Notably, the atp8 gene contains a group II intron, rare for this locus, whose internal open reading frame displays evidence of pseudogenization via internal stop codons.. We also characterized a putative replication initiation zone (~1.2 kb) defined by a poly-G homopolymer and conserved regulatory motifs. The mitogenome of the HvRI isolate does not contain cob mutations that lead to amino acid substitutions G143A and F129L associated with the quinone outside inhibitor (QoI) fungicide resistance. This high-quality mitogenome is an important resource for comparative mitogenomics, population diversity studies, and the molecular surveillance of QoI fungicide resistance.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Peer Review Report For: The complete and annotated mitochondrial genome of Hemileia vastatrix Race I, causal agent of coffee leaf rust [version 2; peer review: 2 approved]
- Date Crossref
- 16/07/2026
- Éditeur
- F1000 Research Ltd
- Type
- peer-review
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Où se fait cette recherche
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Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Coffee Research Institute Kenya (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Universidad Católica de Manizales pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Plant Pathology /Laboratory of Genetics and Genomics of Plant-Pathogen Interaction pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Catholic University of Manizales pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite, Coffee Research Institute (Kenya) et Universidad Católica de Manizales, avec 2 autres affiliations. Pays d’affiliation : Kenya.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.