Pangenomic analyses in the cultivated grapevine confirm high genomic collinearity and extensive dispensable gene content likely involved in adaptation
Rattachement africain : fr, Maroc. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Pangenomes have now been developed for several horticultural crops, yet the extent to which genome diversity in sequence and organization contribute to plant adaptation and major agronomic traits remains poorly understood. Here, we assembled the genomes of 9 cultivated grapevine varieties and compared the genomes of 15 cultivated grapevine varieties for variation in gene and TE content. We found that genomic collinearity is highly conserved among varieties. We still observed substantial variation across genomes. Notably, we identified across varieties 55,662 orthologous genes, of which 55.3% appears to be dispensable. Dispensable genes are enriched for functions related to adaptation to biotic and abiotic constraints, suggesting that they may play a role in adaptation. Comparing our results with a recently published study, we found substantial differences with ∼12.6% of the genes we classified as core genes being classified as dispensable genes in this other study. We then constructed a pangenome graph and used it to performed genome-wide association studies for 3 important traits in grapevine production, which allowed us to include large structural variants as markers in the analyses. We identified 32 loci that we did not detect when we used the PN40024 genome as a reference, 20 of which are newly reported associations. Overall, our results indicates that despite recent advances in characterizing plant pangenomes, current gene classification into core and dispensable gene categories should be taken with caution. They also highlight the value of incorporating structural variants into GWAS, to better characterize the genetic architecture of agronomic traits.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Pangenomic analyses in the cultivated grapevine confirm high genomic collinearity and extensive dispensable gene content likely involved in adaptation
- Date Crossref
- 09/07/2026
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut Agro Montpelier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Services déconcentrés d'appui à la recherche Occitanie-Montpellier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Groupe ICV pays non établi dans la noticeInstitution
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Institut National de la Recherche Agronomique Maroc (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Domaine Expérimental de Vassal pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montpellier UMR AGAP Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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IFV-INRAE-Institut Agro Geno-Vigne pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Agro Montpellier Unité expérimentale du domaine de Vassal pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Institut National de Recherche pour l'Agriculture et Institut Agro Montpelier, avec 7 autres affiliations. Pays d’affiliation : Maroc.
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