Rapport de recherche reproductibles et interactifs avec R-Markdown pour écologistes

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À l’ère des données massives, intégrer les flux de travail analytiques dans les publications scientifiques est essentiel pour garantir transparence, accessibilité et reproductibilité. La publication de votre flux de travail de recherche peut vous aider à documenter vos décisions, votre code analytique final et vos paramètres. Elle constitue ainsi un outil précieux, tant pour vous-même, que pour vos collègues ou votre équipe de laboratoire, et contribue à promouvoir une science ouverte et transparente. Cet atelier vise à former les participants à la manipulation des données et à la création de rapports analytiques reproductibles et interactifs afin de mieux communiquer les résultats de leurs recherches. À l'issue de l'atelier, les participants seront en mesure d’exploiter les multiples outils de R-Markdown pour créer des rapports de recherche, ainsi que développer des compétences dans l’utilisation de packages tels que tidyverse, ggplot2, DT et leurs packages associés. Déroulement Introduction (20 min) : Fondements de la recherche reproductible. Exercice guidé (1h30) : Présentation de la plateforme R-Markdown et mise en pratique avec des exemples concrets. Création d’un rapport R-Markdown (2h) : travail autonome dans l’activités pratique de l’atelier. Discussion finale (10 min) : Défis, bénéfices et applications potentielles de R-Markdown pour la communication scientifique. Cet atelier invite les participants à raconter l’histoire de leurs recherches avec R-Markdown, en combinant gestion des données, analyses, figures et tableaux de haute qualité dans un document interactif. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Matériel du cours Présentation d'introduction Présentation PowerPoint présentant les notions de base de l'interface de RStudio et de R Markdown : Introduction_Rmarkdown_CEF_2025.pdf Atelier 2025 Guide de l'atelier pour créer un rapport avec R Markdown : CEF_Atelier_Mai2025_fr.html Fichier source R Markdown utilisé pour générer le guide de l'atelier (fichier HTML) : CEF_Atelier_Mai2025_fr.Rmd Atelier 2026 Guide de l'atelier pour créer un rapport avec R Markdown : CEF_Atelier_Mai2026_fr_fin.html Fichier source R Markdown utilisé pour générer le guide de l'atelier (fichier HTML) : CEF_Atelier_Mai2026_fr_fin.Rmd

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.