Complex structural variation, phylogeny, and disease associations of the mucin pangenome
Rattachement africain : us, de, Afrique du Sud. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Mucins are large glycoproteins that provide hydration and barrier function to epithelial tissues. Although genetically heterogeneous, all mucins harbor a large exon composed of variable number tandem repeats (VNTRs). Short-read sequencing has limited our understanding of mucin VNTR diversity and makes disease association studies challenging. We leverage 296 long-read phased genome assemblies to characterize 14 mucin family members, achieving ≥97% accuracy across 572 haplotypes. Phylogenetic haplogroup analysis reveals extraordinary structural heterozygosity, with MUC4 harboring the greatest allelic diversity (n=240 distinct lengths) and MUC12 the greatest size range (Δ = 55,233 bp; 23,080 amino acids). Ten mucins show significant population stratification (pFDR < 0.05). At the MUC4/MUC20 locus, we characterize higher-order structural variation, including a recurrent inversion, copy number variation, and interlocus gene conversion. Optimized genotyping achieves ≥95% haplogroup concordance across 10 loci. We apply this to 4,637 deeply phenotyped cystic fibrosis patients and identify a significant association between short MUC1 VNTRs and severe disease (p=0.0056), demonstrating the pangenome's utility for complex locus genotyping and disease discovery.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Complex structural variation, phylogeny, and disease associations of the mucin pangenome
- Date Crossref
- 04/07/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of Washington pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Heinrich Heine University Düsseldorf pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of North Carolina at Chapel Hill pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cape Town HVTN Immunology Laboratory / Hutchinson Centre Research Institute of South Africa Cape Town, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Organisation à but non lucratif
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Düsseldorf University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Fred Hutch Cancer Center pays non établi dans la noticeInstitution
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Univ. of Washington pays non établi dans la noticeInstitution
University of Washington, Heinrich Heine University Düsseldorf et University of North Carolina at Chapel Hill, avec 4 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
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