Long non-coding RNA triplex-dependent regulation of melanoma gene networks
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Abstract SLNCR is a long non-coding RNA (lncRNA) that promotes melanoma formation. Previously, we have shown that SLNCR regulates gene expression via its interactions with different transcription factors. Here we show that SLNCR is associated with several genomic sites that contain RNA•DNA triplex target sites (TTSs). The primary sequence of SLNCR contains four triplex-forming regions (TFRs), which are homologous to the TFRs of MEG3, HOTAIR, and PARTICLE lncRNAs. Full-length SLNCR overexpression promotes proliferation, migration, and invasion of melanoma cells by inducing characteristic gene expression changes of genes that are enriched in pathways involved in cell cycle regulation and cell migration. The transcriptomic signature of full-length SLNCR is reversed by deletions of TFR1, 2, 3, or 4. Full-length SLNCR is structurally flexible and permissive of different interactions with the DNA and/or proteins. Deletion of any individual TFR causes SLNCR to gain structural definition, potentially preventing some of its native interactions. Using RNA sequencing and the Triplex Domain Finder tool, we demonstrate that SLNCR TFRs form RNA•DNA:DNA triplexes with the TTSs in promoters of key genes (nodes) predicted to regulate melanoma migration and invasion networks. We further validate the effect on invasion using A375 cells in functional assays. Finally, inhibitory oligos that block SLNCR•DNA:DNA triplex formation reversed the effect of SLNCR-mediated migration ex vivo, demonstrating that triplex formation plays a role in driving melanoma progression.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Long non-coding RNA triplex-dependent regulation of melanoma gene networks
- Date Crossref
- 27/06/2026
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Dana-Farber Cancer Institute Department of Cancer Immunology and Virology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Beth Israel Deaconess Medical Center Department of Pathology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Columbia University Irving Medical Center Department of Biochemistry and Molecular Biophysics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of California San Diego Shu Chien-Gene Lay Department of Bioengineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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La Jolla Bioengineering Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Department of Medicine pays non établi dans la noticeInstitution
Broad Institute, Harvard University et Department of Cancer Immunology and Virology — Dana-Farber Cancer Institute, avec 5 autres affiliations.
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