Infections des tissus mous à Mycobacterium abscessus associées à l’injection sous-cutanée d’agents lipolytiques : un rapport d’éclosion et une nouvelle approche d’analyse en épidémiologie moléculaire

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Contexte : La gestion des éclosions d'infections de la peau et des tissus mous attribuables à Mycobacterium abscessus (M.abscessus) nécessite une collaboration entre les cliniciens, les autorités de santé publique et les laboratoires de référence fournissant l'identification moléculaire et le génotypage des bactéries.Objectif : Cette étude rapporte une éclosion d'infections de la peau et des tissus mous attribuables à M. abscessus liée à des traitements de mésothérapie à Montréal, au Canada.Nous présentons une approche innovante combinant les données de séquençage du génome entier longue lecture par Nanopore et courte lecture Illumina avec un nouveau pipeline bioinformatique d'épidémiologie moléculaire en libre accès pour soutenir les enquêtes de santé publique en relevant les isolats génomiquement apparentés.Méthodes : Des enquêtes de santé publique et des questionnaires destinés aux médecins ont été utilisés pour l'identification et l'étude des éclosions.Les génomes complets de six isolats provenant de quatre personnes ont été séquencés.Les données Nanopore et Illumina ont été combinées pour assembler les génomes de novo en utilisant une approche hybride.Les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) ont été identifiés dans chaque génome en mettant en correspondance les lectures courtes avec un génome de référence.Les distances de polymorphismes de nucléotides simples entre les isolats et entre les isolats et le génome de référence ont été utilisées parallèlement à des analyses d'alignement de SNP pour évaluer la similarité génétique entre les isolats et d'autres génomes contemporains de M. abscessus.Résultats : Les personnes identifiées avaient reçu des injections de mésothérapie de la part de la même esthéticienne au cours d'une période d'un mois.Les isolats de l'éclosion étaient génomiquement presque identiques, ne différant que de 0 à 2 SNP lorsque l'on utilise l'isolat le plus ancien comme référence.Un arbre phylogénétique a révélé une distinction génétique entre les isolats de l'éclosion et d'autres isolats contemporains de M. abscessus de Montréal.Conclusion : Le séquençage génomique et l'approche bioinformatique présentée peuvent relever la parenté génomique de M. abscessus suggérant des éclosions cliniques.Cette approche peut soutenir les enquêtes de santé publique, en particulier lorsque les liens épidémiologiques sont incertains.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.