Onco-eQTM: Scripts for a Pan-Cancer Atlas of CpG Methylation–Gene Expression Associations
Rattachement africain : in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
This repository contains all analysis scripts used to build the Onco-eQTM database — a pan-cancer resource mapping cis-regulatory DNA methylation to gene expression, drug sensitivity, immune infiltration, miRNA regulation, and pathway activity across 27 TCGA cancer types and 6,880 primary tumour samples. The pipeline identifies high-confidence eQTM associations using a consensus strategy combining Torch-eCpG (GPU-accelerated) and MatrixEQTL, then integrates results with four functional layers: drug response (251 GDSC compounds), pathway activity (1,387 PARADIGM pathways), immune infiltration (68 signatures), and miRNA cis-eQTL analysis. This deposit accompanies a manuscript currently under review.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
Où se fait cette recherche
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Indian Institute of Technology Hyderabad Department of Biotechnology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Indian Institute of Science Education and Research Thiruvananthapuram pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Biotechnology — Indian Institute of Technology Hyderabad, Indian Institute of Science Education and Research Thiruvananthapuram et School of Biology.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.