Accès ouvert déclaré 2026 preprint

Bioconductor Spatial Data and Image Analysis Hackathon

Davide Risso, Rafael Irizarry, Luca Marconato, Sean Davis, Patrick Danaher, Juan Henao, Wolfgang Huber, Robert Castelo, E. Purdom, Charlotte Soneson, Gabriel Grajeda, Hugo Gruson, Carissa Chen, Dario Righelli, Martin Emons, Gabriele Sales, Samuel Gunz, Daria Lazic, Ilaria Billato, Matteo Calgaro, Riccardo Ceccaroni, Pere Moles-Seró, Artur Manukyan, Mike L. Smith, Michael B. Stadler, Helena Crowell, Sviatoslav Kharuk

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Résumé fourni par la source

We report the outcomes of the Bioconductor Spatial Data and Image Analysis Hackathon, held in Venice, Italy in April 2026. Twenty-seven researchers and software developers organized into four teams to advance R/Bioconductor capabilities for spatial omics and image analysis. Outputs include scalable raster–polygon workflows for whole-slide pathology, an R package for running spatial foundation models via reticulate/basilisk, a spatially stratified differential expression framework, and substantial enhancements to the R `SpatialData` infrastructure for interoperability with the Python `spatialdata` ecosystem. All software is openly available and under active development.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

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