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OpenKnotAI: code for RNA library design, SHAPE data processing, OpenKnot scoring, and RNA design methods

Jill Townley, Wipapat Kladwang, David A. Baker, H. Blair, Christian A. Choe, Gina El Nesr, Andrew Favor, Eli Fisker, Daniel B. Haack, Shujun He, Jason Hingey, Po‐Ssu Huang, Rui Huang, Chaitanya K. Joshi, Thomas G. Karagianes, Andrew Kubaney, Píetro Lió, Adamo S. Mancino, Jonathan Romano, Boris Rudolfs, Nicholas Spellmon, Navtej Toor, Jigyasa Verma, Yuan Wu, Zhiheng Yu, Eterna Players, Rhiju Das

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10Institutions déclarées

2Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Code accompanying the OpenKnotAI study, “De novo design of RNA pseudoknots with deep learning” (preprint: https://doi.org/10.64898/2026.05.21.726960). This deposit bundles source-only snapshots (Git history removed) of the software used for RNA library design, SHAPE chemical-mapping data processing, OpenKnot scoring, and the RNA sequence/structure design methods evaluated in the study. Each tool is provided as an individual .zip file so it can be downloaded and browsed separately. See README.md and MANIFEST.md for upstream URLs, commit SHAs (all retrieved 2026-06-11), licenses, and the role of each tool. Every bundled tool retains its own upstream LICENSE file. Rosetta is third-party proprietary software and is linked, not redistributed (see LINKED-TOOLS-rosetta.md). Bulk experimental data (SHAPE sequencing reads, cryo-EM maps, design data) are deposited separately and cross-linked from this record.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

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Où se fait cette recherche

Eterna Massive Open Laboratory pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Howard Hughes Medical Institute Janelia Research Campus pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Stanford University Department of Mathematics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
University of Washington Department of Biochemistry pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
CAE Solutions (United States) pays non établi dans la notice
Entreprise
Mitchell Institute pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Texas A&M University pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
University of Cambridge Department of Computer Science and Technology pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Janelia Research Campus pays non établi dans la notice
Structure de recherche
University of California San Diego pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Inc. Department of Chemistry and Biochemistry pays non établi dans la notice
Entreprise
Department of Chemistry and Biochemistry pays non établi dans la notice
Institution

Eterna Massive Open Laboratory, Janelia Research Campus — Howard Hughes Medical Institute et Department of Mathematics — Stanford University, avec 9 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

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