Large-Scale Collaborative Assessment of Binding Free Energy Calculations for Drug Discovery Using OpenFE
Rattachement africain : sk, us, au, de, es, br, gb, il, ca, ch, cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Accurately measuring compound binding affinities is key to driving the pharmaceutical development process. Rigorous physics-based in silico approaches, particularly alchemical free energy methods, have become a gold-standard tool for estimating compound affinity changes. Here we present the results of a large-scale precompetitive collaborative assessment of relative binding free energy (RBFE) calculations generated by 15 pharmaceutical companies. We evaluate an open-source and MIT-licensed RBFE protocol from the Open Free Energy (OpenFE) ecosystem across both public and blinded private datasets, encompassing over 1,700 ligands in total. For the public dataset, the weighted RMSE across the 58 systems was 1.73 1.53 1.96 kcal/mol, with 10 of the systems reaching sub-kcal/mol accuracy. For the private dataset, the weighted RMSE across the 37 systems was 2.44 1.94 3.06 kcal/mol, with only 2 of the systems reaching sub-kcal/mol accuracy, reflecting the increased complexity of real-world drug discovery. The protocol’s performance was system-dependent, with no single dominant error source, indicating that accuracy is primarily influenced by input quality and transformation type. Overall, these benchmark results are encouraging and indicate that OpenFE is ready for large-scale industrial applications, with an “out-of-the-box” accuracy that approaches that of commercial solutions. While comparison against published FEP+ results, which were obtained after manual parameter optimization, shows comparable ranking statistics, a gap remains in error statistics, for which we outline possible paths toward improvement. The protocol meets key criteria required for production use in an industrial setting: it shows robust performance, generates reproducible results, and achieves both sufficient throughput and rapid convergence.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Large-Scale Collaborative Assessment of Binding Free Energy Calculations for Drug Discovery Using OpenFE
- Date Crossref
- 21/05/2026
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Free Energy (Slovakia) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Open Molecular Software Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Memorial Sloan Kettering Cancer Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Kettering University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Boehringer Ingelheim (Australia) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Biogen (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Bayer (Germany) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Eli Lilly (Spain) pays non établi dans la noticeEntreprise
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South College pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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GlaxoSmithKline (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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AstraZeneca (Brazil) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Molecular Discovery (United Kingdom) pays non établi dans la noticeEntreprise
Free Energy (Slovakia), Open Molecular Software Foundation et Memorial Sloan Kettering Cancer Center, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.