Revised taxonomy reveals sustained introgression and secondary contact in ancient lake ricefishes
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BACKGROUND: Biotic diversification in ancient lakes is shaped by complex geological histories and genetic exchange among populations. The Malili Lake system on Sulawesi Island represents a classic natural laboratory for studying freshwater fish evolution and harbors multiple endemic Oryzias species that diversified under repeated hydrological reorganizations. Previous genomic analyses inferred that two sympatric species in Lake Towuti (O. profundicola and O. loxolepis) experienced a single ancient introgression event from a "ghost lineage" derived from O. marmoratus inhabiting another lake. However, recent taxonomic re-evaluation has revealed the presence of an extant O. marmoratus population within Lake Towuti itself. This finding suggests that the putative ghost lineage may in fact represent a living population co-occurring in the lake, calling for a re-examination of the introgression history and speciation mode in Lake Towuti. RESULTS: -statistic analyses revealed that introgression signals previously attributed to a "ghost lineage" into O. profundicola and O. loxolepis instead originated from the extant O. marmoratus population coexisting within Lake Towuti. Demographic model comparisons explicitly incorporating within-lake gene flow further supported a scenario in which O. profundicola and O. loxolepis diverged in allopatry, subsequently came into secondary contact within Lake Towuti, and later experienced additional gene flow following secondary contact with O. marmoratus that entered the lake. CONCLUSION: Our results demonstrate that introgression from the O. marmoratus lineage into O. profundicola and O. loxolepis was not a single ancient event, but rather a more sustained process. This finding highlights the critical importance of taxonomic resolution for accurately inferring introgression and divergence history. Comparative studies across other ancient lakes on Sulawesi will be valuable for understanding how the timing and nature of gene flow from third lineages influence patterns of population divergence and the strength of reproductive isolation.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Revised taxonomy reveals sustained introgression and secondary contact in ancient lake ricefishes
- Date Crossref
- 12/05/2026
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of the Ryukyus Tropical Biosphere Research Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Fisheries University Department of Applied Aquabiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Natural History Museum and Institute pays non établi dans la noticeInstitution
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Okayama University Ushimado Marine Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sam Ratulangi University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universitas Halu Oleo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Keio University Institute for Advanced Biosciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Nagoya University Bioscience and Biotechnology Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tropical Biosphere Research Center — University of the Ryukyus, Department of Applied Aquabiology — National Fisheries University et Natural History Museum and Institute, avec 8 autres affiliations.
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