M2Caller: A Mamba2 Based Oxford Nanopore Basecaller Balancing Accuracy and Throughput
Rattachement africain : my, gb, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Basecalling transforms the noisy electrical signals generated during nanopore sequencing into nucleotide sequences, and its accuracy critically determines the reliability of downstream analyses. Increasingly complex architectures have been adopted for basecalling, yet this trend has produced bloated systems that are difficult to deploy on real-world nanopore sequencers. To address this challenge, we present M2Caller, which employs a lightweight encoder to effectively balance accuracy and throughput. Across nine datasets, M2Caller achieves an average accuracy of 93.21%, outperforming the state-of-the-art TransCaller while providing nearly 6× throughput, thus satisfying diverse demands for both efficiency and accuracy.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- M2Caller: A Mamba2 Based Oxford Nanopore Basecaller Balancing Accuracy and Throughput
- Date Crossref
- 03/05/2026
- Éditeur
- IEEE
- Type
- proceedings-article
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Où se fait cette recherche
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University of Technology Malaysia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Liverpool pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Arizona pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Computing Universiti Teknologi Malaysia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of Technology Malaysia, University of Liverpool et University of Arizona, avec 1 autre affiliation.
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