Integrating single-cell and spatial transcriptomics to reveal the spatiotemporal dynamics of retinal cells during ischemia–reperfusion injury progression in rats
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Retinal ischemia–reperfusion (I/R) injury is a key pathological process in retinal-associated diseases such as glaucoma. However, the spatiotemporal dynamics and cell interactions during this injury are not fully understood. This study integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to map retinal cell responses in a rat I/R injury model at acute, subacute, and chronic stages. We identified 14 cell populations and tracked gene expression changes over time. Retinal ganglion cells (RGCs) showed activation of apoptotic, autophagic, and oxidative stress pathways within 24 h. Spatial analysis revealed RGCs co-localized with Müller glial and microglial cells in the optic nerve and inner retina, with RGC death driven by ligand-receptor interactions (e.g., Ncam1-Ncam1, App-Sorl1). Transcription factors (Sox9/Sox8) in Müller cells regulated TNF/JAK-STAT signaling, while Alzheimer’s-related Mapt exhibited spatiotemporal specificity in RGCs, suggesting shared neurodegenerative pathways. This study constructed a panoramic spatiotemporal dynamic map of retinal I/R injury progression, providing important clues for the development of potential therapeutic targets for glaucoma and related retinal diseases.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Integrating single-cell and spatial transcriptomics to reveal the spatiotemporal dynamics of retinal cells during ischemia–reperfusion injury progression in rats
- Date Crossref
- 09/04/2026
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Southern Medical University Shenzhen Hospital Shenzhen Eye Medical Center of Shenzhen Eye Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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He Eye Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Shandong Eye Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Central South University Eye Center of Xiangya Hospital pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Xiangya Hospital Central South University pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Tsinghua University Institute of Biopharmaceutical and Health Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jinan University Shenzhen Eye Institute of Shenzhen Eye Hospital pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Tsinghua–Berkeley Shenzhen Institute, Shenzhen Eye Medical Center of Shenzhen Eye Hospital — Southern Medical University Shenzhen Hospital et He Eye Hospital, avec 5 autres affiliations.
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