Épidémiologie clinique et moléculaire des infections néonatales précoces et des infections méningées du nourrisson à Escherichia coli en France : impacts sur leur prise en charge

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Escherichia coli est l’une des deux espèces majeures responsables d’infections chez le nouveau-né. Pourtant, en France, les données épidémiologiques et microbiologiques de ces infections restent éparses. Ainsi, par exemple, il n’existe aucune donnée nationale sur la prévalence des infections précoces à E. coli ou sur les méningites à E. coli des jeunes nourrissons. La physiopathologie de ces infections n’est que partiellement connue et leur prévention inexistante. Une meilleure connaissance des souches responsables de ces infections apparait indispensable pour progresser dans cette voie. Au cours de cette thèse nous avons réalisé deux travaux principaux. Le premier a été réalisé sur la première enquête prospective régionale en France dédiée aux infections précoces à E. coli chez les nouveau-nés de plus de 34 semaines d’aménorrhée entre 2019 et 2021. L’incidence de ces infections a été établie à 0,89 et 0,06 pour 1000 naissances, respectivement pour les nourrissons en fin de prématurité et les nourrissons à terme avec donc une incidence 15 fois plus élevée chez les prématurés et 18% des nouveau-nés ont développé une méningite. L’analyse génotypique par séquençage complet des souches a révélé l’émergence d’un groupe clonal de souches caractérisées par leur Sequence Type ST1193. Ces souches (n=6) étaient responsables de 18% d’infections, la moitié étaient productrices de beta-lactamase à spectre étendue et 3 souches ont été responsables de méningite. Ces souches ST1193 apparaissent donc comme hautement résistantes et virulentes. Le deuxième travail porte sur la caractérisation génétique de l’ensemble des souches de méningites à E. coli chez les nourrissons recueillis par le CNR sur ces 24 dernières années. Plusieurs résultats marquants sont à relever. Sur une période relativement courte, la prévalence de certains clones ou groupes clonaux fluctue de façon significative avec notamment l’apparition et la quasi disparition du clone O45:K1, la baisse continue du groupe clonal historique O18:K1:H7 ou encore l’émergence du ST1193 sur les 10 dernières années. Certains facteurs de virulence impliqués dans la physiopathologie des méningites ne sont présents qu’inconstamment, telle l’invasine ibeA, suggérant l’existence de facteurs alternatifs. A contrario, notre étude montre la quasi omniprésence de plasmides de virulence du type pS88 ou pRS218. De façon surprenante la comparaison des souches issues de prématurés et de nouveau-né à terme ne met pas en évidence de différence en termes d’équipement génétique à l’exception du plasmide pS88. Enfin notre étude met en évidence une augmentation sur ces dernières années de la résistance aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) en lien avec l’émergence du clone ST1193. Deux travaux supplémentaires ont été réalisés sur la résistance et la virulence. Le premier s’est focalisé sur le support génétique de la résistance aux C3G du clone ST1193. Cette étude a mis en évidence pour la première fois que pour 45% des souches les gènes de résistance étaient insérés au sein du chromosome et non au sein d’un plasmide. Le second travail a identifié deux souches de virulence hybride responsables de méningites fatales et produisant une Shiga toxine. En conclusion nos travaux montrent la grande adaptabilité par sa plasticité génomique des E. coli responsables d’infections néonatales que ce soit en termes de virulence ou en termes de résistance aux antibiotiques. Il apparait indispensable de mettre en œuvre une surveillance nationale de ces infections dans la perspective d’éventuelles stratégies vaccinales et surtout pour l’adaptation de leur antibiothérapie probabiliste. Le clone ST1193 à ce titre représente une menace importante, sa surveillance et l’élucidation de sa virulence apparaissent prioritaires.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.