Apport de la sérologie et de la génomique dans la compréhension de la circulation des Virus zoonotiques hautement pathogènes à l’interface Homme Faune sauvage en République Démocratique du Congo : cas des virus Ebola et Monkeypox

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Les maladies infectieuses émergentes en général et celles zoonotiques d’origine virale en particulier, connaissent une accélération dans la fréquence des épidémies et pandémies. Cette augmentation de la fréquence des épidémies est sans doute exacerbée par les activités anthropocéniques. Ainsi, entre 2005 et 2024, l’Organisation Mondiale de la Santé a été amenée à élever au niveau maximal son alerte en déclarant près 8 fois l’urgence de santé publique de portée internationale (USPPI). La dernière en cours a été déclaré pour le mpox le 14 août 2024. Par cette déclaration, le mpox a rejoint la maladie à virus Ebola, une autre zoonose à fort potentiel épidémique, dans le lot des émergences ayant conduit 2 fois à la déclaration d’USPPI.Ces deux maladies partagent plusieurs points communs incluant leur origine virale, les premières détections humaines en République Démocratique du Congo (entre1970 – 1980), leur réservoir non élucidé à ce jour et les défis majeurs dans leur diagnostic et thérapeutique, surtout aux lieux d’émergence.Ces 2 maladies imposent en tout lieu où ils émergent un contrôle rapide afin de sécuriser les communautés locales et épargner les systèmes globaux des crises multiformes à l’instar de celles occasionnées par la covid-19. Le contrôle efficace passe par la capacité à détecter et caractériser l’agent pathogène. Nous avons ainsi mis au point un test sérologique et avons intégré la sérologie multiplex dans les investigations des épidémies à l’instar de celle de Masimanimba. Nous avons réalisé en plus une enquête rétrospective sur des échantillons de sérum, qui nous a permis d’augmenter le taux de positivité de 14,5%, lorsque la PCR et/ou la séropositivité sont prises en compte pour la détection des cas positifs, démontrant que plusieurs épidémies passeraient probablement inaperçus.Par ailleurs, face au nombre de cas croissant, le séquençage à haut débit a été intégré en plus des investigations épidémiologiques. Ainsi, nous avons pu caractériser le clade Ia, circulant majoritairement dans le pays. Nous avons décrit des cas associés à la transmission sexuelle dans la province du Kwango, une co-circulation avec le Swinepox à la Tshuapa, un contexte propice à la transmission transfrontalière autour de la rivière Ubangi et des introductions dans les zones urbaines telles les villes de Kisangani ou Kinshasa. En outre, nous avons documenté l’émergence de l’épidémie liée au clade Ib dans la zone de santé de Kamituga à l’Est du pays, montrant plus de signaux moléculaires d’adaptation à l’homme, et qui a rapidement gagné les les villes de Bukavu, Goma et Kinshasa. Ce double paradigme, d’une part clade Ia lié aux transmissions zoonotiques (interespèces) de façon prédominante, et d’autre part clade Ib caractérisé par une transmission interhumaine soutenue pourrait évoluer, surtout à cause des corcirculations clade Ia et clade Ib, tel qu’à Kinshasa. Pour l’épidémie Ebola de l'Équateur en 2020, l’utilisation de la génomique a permis de détecter la cocirculation de 2 variants ont été découvert qui co-circulaient, à savoir celui responsable de la déclaration de l’épidémie de 2020 et celui ayant circulé en 2018 (9ème épidémie MVE, souche Tumba). Et une vue plus globale de l’épidémie a pu être obtenue malgré que toutes les chaines de transmission n’aient pas été élucidées.Ainsi, les lumières issues des réponses à quelques -unes des observations relatives aux épidémies de mpox et de maladies à virus Ebola, révèlent d’autres mystères à explorer en vue d’anticiper les problèmes sanitaires que ces menaces pourraient engendrer à tout moment. Nos résultats de thèse démontrent encore combien cruciale est l’intégration de l’approche « une santé » associant plusieurs disciplines pour aborder les défis sanitaires posés par les zoonoses plus difficiles à éradiquer.