Détection et identification des mutations et des voies métaboliques associées à l'adaptation à l'hôte dans le pangénome de Salmonella

Le résumé fourni par la source

L’évolution du genre Salmonella a conduit à l’apparition d’espèces et de sous-lignées adaptées à différents hôtes jouant un rôle majeur dans la compréhension des mécanismes biologiques de l’adaptation bactérienne. En raison du lourd fardeau sanitaire et socio-économique que représente les salmonelloses, le genre Salmonella est donc contrôlé par des laboratoires hospitaliers et de sécurité alimentaire. Nous avons donc développé deux approches analytiques permettant de détecter et identifier les mutations associées à l’adaptation aux hôtes de Salmonella sans a priori sur les éléments génomiques explicatifs, en identifiant les variants du coregénome fixés aux nœuds de reconstruction phylogénomique ou en identifiant les mutations pangénomiques associées à ces hôtes indépendamment des sous-lignées bactériennes considérées (c.à.d. GWAS). Ces deux approches ont été couplées à des études d’enrichissement des voies métaboliques correspondantes (c.à.d. GOAE). En raison de pressions de sélection de l’environnement naturel des animaux, de leurs régimes alimentaires, ou des supplémentations administrées par l’Homme, nos résultats montrent que l’adaptation aux hôtes de Salmonella a pu avoir lieu au sein ou entre les sous-lignées. Ces résultats renforcent la nécessité d’intégrer des sous-lignées clonales et panmictiques afin d’identifier les mutations causales associées à l’adaptation aux hôtes. Dans un contexte de contrôle des TIAC tout au long de la chaîne alimentaire, l’identification de ces mutations récentes permettrait d’améliorer les modèles d’attribution des sources animales de Salmonella et de confirmer des résultats d’investigations de TIAC à l’échelle génomique.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.