Development of the 4TREE SNP array, a forest multispecies array to enhance European Breeding and conservation programs in pine, poplar and ash
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Le résumé fourni par la source
ABSTRACT Within the framework of the European Adaptive BREEDING for Better FORESTs project (B4EST, https://b4est.eu/ ), we have developed genotyping tools for Poplar, Ash, and Pine forest tree species. SNP arrays are attractive genotyping tools because of the user-friendly genotype calling system and the robust transferability among laboratories. Here we describe the development of an Axiom SNP array for Pinus pinaster (13,407 SNPs), Pinus pinea (5,671 SNPs), Poplar spp. (13,408 SNPs), and Fraxinus spp. (13,407 SNPs) based on a two-step process. We first assembled a high-density (>100,000 SNPs/species) screening array that served to test a large panel of candidate SNPs on a diversity panel involving at least 120 individual trees per species or species group. In the second step, we selected and combined the most informative SNPs to build the final 50,000 SNP 4TREE array. This approach resulted in high genotyping success rates, including for species lacking previously validated high-quality SNP resources. The 4TREE SNP array provides a valuable and transferable genomic tool to support genomic prediction, breeding, and adaptive management of forest tree species.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Development of the 4TREE SNP array, a forest multispecies array to enhance European Breeding and conservation programs in pine, poplar and ash
- Date Crossref
- 23/03/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Université Paris-Saclay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Biosciences and Bioresources pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université d'Orléans pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Forestry Research Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Wageningen University & Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Consiglio per la ricerca in agricoltura e l’analisi dell’economia agraria pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Queen Mary University of London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Royal Botanic Gardens pays non établi dans la noticeInstitution
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UMR BIOdiversity pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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INRAE pays non établi dans la noticeInstitution
Université Paris-Saclay, Institut National de Recherche pour l'Agriculture et Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux, avec 9 autres affiliations.
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