SenNet Portal: Build, Optimization and Usage
Rattachement africain : ca, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Cellular senescence is a hallmark of aging and a driver of functional decline across tissues, yet its heterogeneity and context dependence have limited systematic study. The Common Fund's Cellular Senescence Network (SenNet) Program addresses this challenge by generating multimodal, multi-tissue datasets that profile senescent cells across the human lifespan and complementary mouse models. The SenNet Data Portal (https://data.sennetconsortium.org) serves as the public gateway to these resources, providing open access to harmonized single-cell, spatial, imaging, transcriptomic, and proteomic data; senescence biomarker catalogs; and standardized protocols that can be used to comprehensively identify and characterize senescent cells in mouse and human tissue. As of January 2026, the portal hosts 1,753 publicly available human and mouse datasets across 15 organs using 6 general assay types. Experts from 13 Tissue Mapping Centers (TMCs) and 12 Technology Development and Application (TDAs) components contribute tissue data, analyze data, identify senescent biomarkers, and agree on panels for cross-tissue antibody harmonization. They also register human tissue data into the Human Reference Atlas (HRA) and develop user interfaces for the multiscale and multimodal exploration of this data. Built on a scalable hybrid cloud microservices architecture by the Consortium Organization and Data Coordinating Center (CODCC), the Portal enables data submission, management, integrated analysis, spatial context mapping, and cross-species senescence mapping critical for aging research. This paper presents user needs, the Portal's architecture, data processing workflows, and senescence-focused analytical tools. The paper also presents usage scenarios illustrating applications in biomarker discovery, quality benchmarking, hypothesis generation, spatial analysis, cost-efficient profiling, and cell distance distribution analysis. Current limitations and planned extensions-including expanded spatial-omics releases and improved tools for senotype characterization-are discussed. SenNet protocols, code, and user interfaces are freely available on https://docs.sennetconsortium.org/apis.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- SenNet Portal: Build, Optimization and Usage
- Date Crossref
- 10/02/2026
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Canadian Institute for Advanced Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Indiana University Bloomington Department of Intelligent Systems Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Pittsburgh Supercomputing Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Carnegie Mellon University Pittsburgh Supercomputing Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Pittsburgh Department of Biomedical Informatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New York Genome Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Icahn School of Medicine at Mount Sinai Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Minnesota Masonic Institute on the Biology of Aging and Metabolism pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jackson Laboratory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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The Jackson Laboratory for Genomic Medicine pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Yale University Department of Biomedical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Canadian Institute for Advanced Research, Department of Intelligent Systems Engineering — Indiana University Bloomington et Pittsburgh Supercomputing Center, avec 9 autres affiliations.
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