Genetic evolution of SARS-CoV-2 in immunocompromised individuals

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Le SARS-CoV-2, agent responsable de la pandémie de COVID-19, est un virus à ARN dont la plasticité génétique favorise l'émergence de mutations sous l'effet des pressions immunitaires ou thérapeutiques. Chez les patients immunodéprimés, la clairance virale retardée et l'exposition répétée aux anticorps monoclonaux et aux antiviraux créent un contexte favorable à la persistance de l'infection et à la sélection de mutations susceptibles de compromettre l'efficacité des traitements et d'influencer la dynamique épidémiologique. L'objectif de ce travail était d'étudier l'évolution génétique du SARS-CoV-2 dans ce contexte particulier. Dans une première étude multicentrique rétrospective (COCOPREV-R), nous avons comparé l'efficacité clinique et virologique de deux bithérapies d'anticorps monoclonaux (Bamlanivimab/Etesevimab versus Casirivimab/Imdevimab) chez des patients majoritairement immunodéprimés. Le schéma Bamlanivimab/Etesevimab a montré un taux d'hospitalisation plus faible, mais est associé à un risque accru de mutations de résistance au niveau de la protéine Spike. Dans l'étude prospective ANRS 0003S COCOPREV, nous avons analysé l'évolution du génome viral au cours de l'infection chez des patients traités par anticorps monoclonaux, majoritairement immunodéprimés. Des mutations de résistance sont apparues dans la protéine Spike sous chacun des trois traitements évalués. Les patients traités par Tixagevimab/Cilgavimab présentaient un risque multiplié par cinq de développer des substitutions aux positions R346 et K444. Contrairement aux autres mutations observées, ces substitutions ont émergé à plusieurs reprises dans différents lignages en raison de leur impact favorable sur le fitness viral, et ont ensuite été sélectionnées dans les variants BQ.1 et XBB, alors prédominants en France. Enfin, dans l'étude rétrospective ANRS EMERGEN SIID, nous avons comparé la diversité génétique virale entre patients immunodéprimés et immunocompétents (principalement des soignants) au moment du diagnostic. Les patients immunodéprimés présentaient un nombre plus élevé de mutations dès le diagnostic. Cette différence pourrait s'expliquer par une réplication virale non contrôlée avant le dépistage, contrairement aux immunocompétents souvent diagnostiqués plus précocement. La présence de mutations spécifiques du SARS-CoV-2 chez les immunodéprimés suggère également un rôle particulier de leur environnement immunitaire dans l'évolution intra-hôte du virus. Nos résultats confirment l'efficacité initiale des bithérapies d'anticorps monoclonaux, mais mettent en évidence leur efficacité hétérogène chez les patients immunodéprimés ainsi que leur implication dans la sélection de mutations d'échappement. Ces observations soulignent la nécessité d'un suivi virologique rapproché et d'une surveillance génomique renforcée, afin d'anticiper l'émergence de nouveaux variants et d'adapter les stratégies thérapeutiques et préventives

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.