CNNeoPP: a large language model-enhanced deep learning pipeline for personalized neoantigen prediction and liquid biopsy applications
Rattachement africain : us, cn, kr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Neoantigens have emerged as promising targets for personalized cancer immunotherapy. However, accurate identification of immunogenic neoantigens remains a challenge due to limitations in existing predictive models. Here, we present CNNeo, a novel deep learning-based neoantigen prediction model, and CNNeoPP, an integrated computational pipeline for neoantigen discovery. CNNeo employs large language model-derived sequence representations and multi-modal feature integration, demonstrating superior predictive performance compared to existing tools. CNNeoPP was rigorously validated using independent datasets, including the TESLA dataset, and experimental validation via ELISpot T-cell assays. Additionally, we conducted a proof-of-concept study utilizing plasma cell-free DNA to explore the feasibility of non-invasive neoantigen prediction. We found that increased sequencing depth enhances neoantigen detectability, further amplified by the prioritization strategy of CNNeoPP. CNNeoDB, a publicly accessible database was developed compiling neoantigen data from multiple sources. This study establishes robust tools for neoantigen prediction, with implications for optimizing cancer immunotherapy and liquid biopsy-based tumor monitoring. CNNeoPP is available at https://github.com/AaronChen007/neoantigen.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- CNNeoPP: a large language model-enhanced deep learning pipeline for personalized neoantigen prediction and liquid biopsy applications
- Date Crossref
- 04/02/2026
- Éditeur
- Frontiers Media SA
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Northwest University Department of Thyroid Breast Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tsinghua University Institute of Nuclear and New Energy Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jeonbuk National University Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Jeonbuk National University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Second Affiliated Hospital of Xi'an Jiaotong University Department of Ophthalmology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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College of Life Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Chonbuk National University Department of Statistics and Research Institute of Applied Statistics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Thyroid Breast Surgery — Northwest University, Institute of Nuclear and New Energy Technology — Tsinghua University et Jeonbuk National University Hospital, avec 4 autres affiliations.
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