Accès ouvert déclaré 2026 article

smoppix: unified nonparametric analysis of single-molecule spatial omics data using probabilistic indices

Stijn Hawinkel, Xilan Yang, Ward Poelmans, Hans Motte, Tom Beeckman, Steven Maere

0Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

2Institutions déclarées

1Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : be. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Spatial omics technologies localize individual molecules at subcellular resolution, yet growing numbers of molecules, features and replicates set analysis challenges. We present smoppix, a nonparametric analysis method based on the probabilistic index, to test for several uni- and bivariate localization patterns. It exploits the high-dimensionality of the data for variance weighting and for providing a background null distribution, unique for every molecule. Moreover, smoppix sidesteps segmentation, edge correction, warping and density estimation, and is scalable thanks to an exact permutation null distribution. We unearth spatial patterns in datasets from four kingdoms, and validate some findings experimentally on spikemoss roots.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: smoppix: unified nonparametric analysis of single-molecule spatial omics data using probabilistic indices
Date Crossref: 02/02/2026
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
Type: journal-article

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Ghent University Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
VIB-UGent Center for Plant Systems Biology pays non établi dans la notice
Structure de recherche
VIB Center for Plant Systems Biology pays non établi dans la notice
Institution

Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics — Ghent University, VIB-UGent Center for Plant Systems Biology et VIB Center for Plant Systems Biology.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

Les sujets associés

Single-cell and spatial transcriptomicsBioinformatics and Genomic NetworksAdvanced Fluorescence Microscopy Techniques

Lire en accès ouvert Consulter la publication primaire Ouvrir le DOI