ProteoCast: a web server to predict, validate, and interpret missense variant effects
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Le résumé fourni par la source
Understanding how mutations affect protein function remains critical yet challenging, particularly for variants in clinical databases lacking experimental characterisation and for intrinsically disordered regions. Current computational approaches often operate as black boxes, providing predictions without sufficient transparency or quality assessment of the underlying data. Here we present ProteoCast, a user-friendly web server that predicts variant effects through evolutionary constraint analysis and structural context integration. ProteoCast provides a three-tier variant classification (impactful, mild, neutral) to help prioritise mutations for clinical interpretation and experimental validation. It incorporates multiple sequence alignment quality controls to ensure prediction reliability and flag positions with insufficient evolutionary information. Beyond single-variant classification, ProteoCast employs a novel segmentation approach based on mutational sensitivity to identify functional linear peptides in disordered regions. Interactive visualisations guide users through results interpretation, from variant-level predictions to protein-wide functional landscapes. Evaluation on 63,000 ClinVar variants demonstrates 77 % sensitivity and 87 % specificity for pathogenicity prediction, with performance maintained across species (85 % accuracy on Drosophila lethal mutations). ProteoCast successfully identifies twice as many functional motifs in intrinsically disordered regions compared to conservation-based phylogenetic methods. Predictions can be tuned to specific conformations, such as bound forms in protein complexes, for improved accuracy and interpretability. With its transparent, unsupervised methodology and computational efficiency (minutes per protein), ProteoCast democratises access to variant effect prediction and functional site discovery for the broader research community. The web server is freely available at: https://proteocast.ijm.fr/.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- ProteoCast: a web server to predict, validate, and interpret missense variant effects
- Date Crossref
- 01/09/2026
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Paris Cité pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sorbonne Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Biologie Computationnelle pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Biologie Paris-Seine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Evolution et ingénierie de systèmes dynamiques pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Sorbonne Paris Cité pays non établi dans la noticeInstitution
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