Environmental metagenomics enhances detection of circulating viruses from live poultry markets in Cambodia
Rattachement africain : sg, kh, fr, it, th, au. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Environmental surveillance has emerged as a pivotal strategy for early detection of pathogens that pose a threat to humans. In Asia, live-bird markets (LBMs) are key human-animal interfaces for zoonotic virus transmission. Traditional sampling strategies are time-consuming, expensive and carry significant biosafety risks. Here, we assess the performance of metagenomics on environmental samples (ES) versus traditional poultry swabs for detecting viral pathogens in two Cambodian LBMs between January 2022 and April 2023. ES, including air (n = 35), cage swabs (n = 17), carcass wash water (n = 17) and drinking water (n = 9) are collected alongside oropharyngeal and cloacal swabs from chickens (n = 30) and ducks (n = 29). ES is sensitive in detecting 40 viruses from pathogen families including Orthomyxoviridae and Coronaviridae. Air samples capture the greatest diversity of poultry viruses. Viral contigs from ES show high sequence identity to poultry swab contigs when aligned to the same gene. We show ES outperforms poultry samples in detecting the highly pathogenic influenza A/H5N1, including clades 2.3.4.4b and 2.3.2.1c, which are found in the environment but are missed by poultry swabs. Our findings show metagenomics on ES replicates traditional surveillance, offering broader coverage and improved pathogen detection. This approach could be pivotal for mitigating zoonotic spillover and enhancing pandemic preparedness.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Environmental metagenomics enhances detection of circulating viruses from live poultry markets in Cambodia
- Date Crossref
- 12/01/2026
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
National University of Singapore Programme in Emerging Infectious Diseases pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Institut Pasteur du Cambodge pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Pasteur Network pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
Food and Agriculture Organization of the United Nations pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Ministry of Agriculture Forestry and Fisheries General Directorate of Animal Health and Production pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
UNICEF East Asia and Pacific Regional Office pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
James Cook University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Duke-NUS Medical School pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Institute Pasteur du Cambodge Virology Unit pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
National Animal Health and Production Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
College of Public Health pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Programme in Emerging Infectious Diseases — National University of Singapore, Institut Pasteur du Cambodge et Pasteur Network, avec 8 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.