Nanopore sequencing and multiomics reveal predictable non-coding RNA activation in DNA methylation deficient Arabidopsis thaliana
Rattachement africain : cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs) are regulatory transcripts from intergenic regions with diverse expression patterns, but whether the activation of lincRNA is widespread and predictable remains unclear. Here, we applied Oxford Nanopore Technology Direct RNA and DNA sequencing (ONT DRS and DDS) to Arabidopsis DNA methylation-deficient mutants (ddm1 and met1) and wild type. Differential expression analysis identified 340 upregulated lincRNAs and 209 lincRNAs with consistent expression whose expression was negatively correlated with DNA methylation. Similar activation patterns were also detected in natural populations. To further characterize these lincRNAs, fifty multi-omics features were compiled to train six machine learning models for classifying ddm1-activated lincRNAs and Random Forest achieved the highest average precision of 0.96. Feature importance analysis highlighted population-level DNA methylation, ONT-derived RNA modification and transposable elements as key predictors. These results indicate that epigenetic variation shapes predictable lincRNA activation, establishing a framework for systematic discovery of expressible non-coding RNAs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Nanopore sequencing and multiomics reveal predictable non-coding RNA activation in DNA methylation deficient Arabidopsis thaliana
- Date Crossref
- 31/12/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Zhejiang University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sanya University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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ZheJiang Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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College of Agriculture and Biotechnology Zhejiang Provincial Key Laboratory of Crop Genetic Resources pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Dry Land Farming Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Zhejiang University, Sanya University et Hebei Academy of Agriculture and Forestry Sciences, avec 3 autres affiliations.
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