BPSS: a Nextflow pipeline for Bacterial Peptide Sequence Selection to detect protein diversity
Rattachement africain : fr, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
MOTIVATION: Sequence variability can be extremely high, particularly in bacteria due to the rapid accumulation of mutations linked to their high replication rate and environmental selection pressure, which often favors diversifying selection. For most species, there are no automated, computationally efficient tools available for constructing a nonredundant database covering the allelic variability of target proteins. RESULTS: We have thus developed Bacterial Peptide Sequence Selection, a Nextflow pipeline to define a minimal list of peptide sequences for detecting all variants of a protein of interest. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: All the code and containers used are freely available on Gitlab from https://gitbio.ens-lyon.fr/ciri/stapath/bpss or on Zenodo (10.5281/zenodo.16894981) under GPLv3 open-source license and DockerHub platform from https://hub.docker.com/u/stapath.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- BPSS: a Nextflow pipeline for Bacterial Peptide Sequence Selection to detect protein diversity
- Date Crossref
- 23/12/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Les institutions déclarées
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