MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2025 update and 20th anniversary
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Le résumé fourni par la source
MODOMICS is the reference database of RNA modifications and related information, integrating chemical, biochemical, structural, and functional data. In this 2025 update, marking the 20th anniversary of MODOMICS, the database has been significantly expanded in scope and depth. The RNA sequence section now includes transcriptome-wide data generated in collaboration with Sci-ModoM, a quantitative resource of high-throughput epitranscriptomic datasets, enabling the representation of >48 000 transcripts with high-confidence modification annotations. The catalog of modified residues was improved with systematic curation, and addition of new computational descriptors derived from quantum mechanical calculations. An all-versus-all similarity analysis of chemical structures was performed, and the results are provided as an interactive similarity graph to explore chemical relationships among modifications. The protein section has been updated with newly characterized enzymes and expanded annotations of modification pathways, supported by an improved evidence and reliability framework. Together, these advances further strengthen MODOMICS as a comprehensive and reliable community resource, serving as both a reference and a platform for discovery in the rapidly developing field of epitranscriptomics. MODOMICS is available at https://iimcb.genesilico.pl/modomics/.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2025 update and 20th anniversary
- Date Crossref
- 24/11/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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International Institute of Molecular and Cell Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital Heidelberg Department of Internal Medicine III pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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German Center for Infection Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Siena pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Research Council pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Prevention Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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German Center for Cardiovascular Research–Partner site Heidelberg/Mannheim pays non établi dans la noticeInstitution
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Klaus Tschira Institute for Integrative Computational Cardiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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German Center for Cardiovascular Research-Partner site Heidelberg/Mannheim pays non établi dans la noticeInstitution
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Institute of Clinical Physiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
International Institute of Molecular and Cell Biology, Heidelberg University et Department of Internal Medicine III — University Hospital Heidelberg, avec 9 autres affiliations.
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