Factors influencing phenomic prediction: A case study on a large sorghum back cross nested association mapping population
Rattachement africain : fr, Mali, in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Plant breeding is crucial to develop varieties able to cope with climate change and support food and feed value chains. Genomic prediction (GP) has been a major step in increasing their efficiency and recently, phenomic prediction (PP) has gained attention as a promising complementary approach to GP, potentially further increasing this efficiency. Factors impacting PP are not fully clarified. Thus, we studied the impacts of spectra preprocessing, prediction methods, population structure, training set size, near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) acquisition environment, and wavelength selection on a large multi‐parental sorghum population including 2498 BC1F3:5 families from 29 crosses with a strong population structure. Using 51,545 single nucleotide polymorphisms and 1154 NIRS features, we show that PP can reach predictive abilities (PAs) similar to GP, that it is less affected by population structure, and can reach its maximal PA with smaller training sets than GP, but its performances are trait dependent. We also show that NIRS can be acquired in a reference environment to perform prediction in other environments and that it is possible to randomly select wavelengths to perform predictions. Finally, we show that spectra preprocessing and statistical methods have an inconsistent impact on PA. Our study confirms that PP is a relevant trait prediction method that deserves attention to optimize breeding schemes. The main challenges for the future will be to better understand the information contained in the spectra and disentangle their genetic and proxy components to optimize the use of PP in breeding programs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Factors influencing phenomic prediction: A case study on a large sorghum back cross nested association mapping population
- Date Crossref
- 19/11/2025
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montpellier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut d'Économie Rurale Institut d'Economie Rurale Bamako Mali, Mali (code pays fourni par la source)Organisme public
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Centre for Water Resources Development and Management pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Kerala Agricultural University KCAEFT Tavanur pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Polytechnique Rural de Formation et de Recherche Appliquée Katibougou, Mali (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics Bamako, Mali (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Institut Agro Montpelier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Français de la Vigne et du Vin pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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CIRAD UMR AGAP Institut Montpellier France pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Université de Montpellier et Institut National de Recherche pour l'Agriculture, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Mali.
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