proGenomes4: providing 2 million accurately and consistently annotated high-quality prokaryotic genomes
Rattachement africain : de, au, us, ie, jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The pervasive availability of publicly available microbial genomes has opened many new avenues for microbiology research, yet it also demands robust quality control and consistent annotation pipelines to ensure meaningful biological insights. proGenomes4 (prokaryotic Genomes v4) addresses this challenge by providing a resource of nearly 2 million high-quality microbial genomes, a doubling in scale from previous versions, encompassing over 7 billion genes. Each genome underwent rigorous quality assessment and comprehensive functional annotation by applying multiple standardized annotation workflows, including the systematic identification of mobile genetic elements and biosynthetic gene clusters. proGenomes4 contains 32 887 species with ecological habitat metadata as well as precomputed pan-genomes. This substantially expanded resource provides the microbiology community with a foundation for large-scale comparative studies and is freely accessible via a newly developed command line interface and at https://progenomes.embl.de/.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- proGenomes4: providing 2 million accurately and consistently annotated high-quality prokaryotic genomes
- Date Crossref
- 20/11/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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European Molecular Biology Laboratory Structural and Computational Biology Unit pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Biobyte Solutions (Germany) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Translational Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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APC Microbiome Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Max Delbrück Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Würzburg Biocenter pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Keio University Human Biology-Microbiome-Quantum Research Center (WPI-Bio2Q) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Biobyte solutions GmbH pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Amsterdam Swammerdam Institute for Life Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Biomedical Sciences Centre for Microbiome Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Heidelberg BioQuant pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Structural and Computational Biology Unit — European Molecular Biology Laboratory, Biobyte Solutions (Germany) et Translational Research Institute, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.