Graph-based pangenomes and pan-phenome provide a cornerstone for eggplant biology and breeding
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Le résumé fourni par la source
Eggplant (Solanum melongena L.) is a major Solanaceous crop of Asian origin, but genomic resources remain limited compared to related species. Here, a core collection of 368 accessions spanning global diversity of S. melongena and wild relatives is phenotyped for agronomic, disease resistance and fruit metabolomic traits and resequenced. Additionally, 40 chromosome-level assemblies of S. melongena, its progenitor S. insanum and the allied species S. incanum enable the construction of two graph-based pangenomes, capturing broad genetic variation. We demonstrate the power of these datasets by identifying major loci controlling prickliness and resistance to Fusarium oxysporum f. sp. melongenae, driven by SVs affecting the LONELY GUY 3 gene and a resistance gene cluster, respectively, as well as a mutation in a GDSL-like esterase/lipase gene altering the levels of dicaffeoyl-quinic acids. These findings provide a cornerstone for pangenome-assisted breeding, enabling detailed analyses of genetic diversity, domestication history, and trait evolution in eggplant. Eggplants are important vegetables worldwide. Here, the authors report 40 genome assemblies of Solanum melongena, its progenitor S. insanum and the allied species S. incanum to construct two pangenomes, and identify loci associated with multiple traits via pangenome-wide association analysis.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Graph-based pangenomes and pan-phenome provide a cornerstone for eggplant biology and breeding
- Date Crossref
- 11/11/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Turin Plant Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Forschungszentrum Jülich pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Hochschule Geisenheim University Plant Breeding Department pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Agency for New Technologies pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Heinrich Heine University Düsseldorf pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universitat Politècnica de València pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Génétique et amélioration des fruits et légumes pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Recep Tayyip Erdoğan University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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World Vegetable Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Institute of Agricultural Biology and Biotechnology National Research Council of Italy pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Graduate School Experimental Plant Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Plant Genetics — University of Turin, Forschungszentrum Jülich et Plant Breeding Department — Hochschule Geisenheim University, avec 9 autres affiliations.
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