surviBALL: exploring lncRNA expression at diagnosis for 5-year EFS risk stratification in pediatric B-ALL—a proof of concept
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Abstract Background B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia (B-ALL) remains an important cause of cancer-related death in children. Therefore, accurate identification at diagnosis of patients at high risk of relapse is crucial. In this context, long non-coding RNAs (lncRNAs) could be novel candidates with great potential. Hence, the aim of this study was to identify new prognostic biomarkers in pediatric B-ALL through an RNA sequencing (RNA-seq) approach that allows the detailed exploration of a wide range of lncRNAs. Methods Total RNA from two cohorts of B-ALL patients (C1 with 50 Spanish patients, and C2 with 72 Canadian patients) was sequenced with a depth of approximately 150 million paired-reads using Illumina technology. All protein coding and non-coding genes included in lncRNAKB annotation were studied to develop a gene expression-based 5-year Event Free Survival (EFS) prediction model. Results First, univariate Cox proportional hazards analyses identified 48 genes significantly associated with higher EFS risk in both cohorts. From these, ALASSO regression selected five genes, all of which are lncRNAs, as the most informative to develop the prediction model, which we have called surviBALL. Stratification of patients into three risk groups according to the surviBALL model revealed significantly poorer EFS in high-risk patients across C1, C2, and the integrated C1 + C2 cohort ( P < 0.001). Validation in an independent cohort of 177 publicly available B-ALL samples confirmed surviBALL’s prediction capacity ( P = 2.80 × 10 − 4 ) and its independence of both subtype and MRD. Conclusions These findings suggest that surviBALL has the potential to complement current risk stratification approaches, particularly by identifying patients at high risk of relapse at diagnosis. As a hypothesis-generating proof of concept, this study highlights the promise of more personalized treatment strategies and warrants further validation in independent cohorts.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- surviBALL: exploring lncRNA expression at diagnosis for 5-year EFS risk stratification in pediatric B-ALL—a proof of concept
- Date Crossref
- 10/11/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of the Basque Country pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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BioCruces Health research Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Sant Joan de Déu Research Foundation pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Hospital Infantil Universitario Niño Jesús pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Centre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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CHU Sainte-Justine Research Center Division of Hematology-Oncology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montréal pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bioef - Fundación Vasca de Innovación e Investigación Sanitarias pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Faculty of Science and Technology Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Biobizkaia Health Research Institute Pediatric Oncology Group pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Hematology Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Niño Jesús University Hospital Department of Pediatric Hematology and Oncology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of the Basque Country, BioCruces Health research Institute et Sant Joan de Déu Research Foundation, avec 9 autres affiliations.
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