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High-throughput plasma proteomic platforms: Insights from a multi-ethnic Asian cohort

Akash Bahai, He Wang, Pritesh Jain, Lucas D. Ward, Alexander Boychenko, Zhihao Ding, Joanne Yuen Yie Ngeow, Jimmy Lee, Elio Ríboli, Jianjun Liu, Sebastian Maurer‐Stroh, Enrico G. Petretto, Ching‐Yu Cheng, Bernett Teck Kwong Lee, Saumya Shekhar Jamuar, Nicolas Bertin, Claire Bellis, Max Lam, Weiling Zheng, Xueling Sim, Patrick Tan, John Campbell Chambers, Nilanjana Sadhu

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16Institutions déclarées

8Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : sg, us, fr, de, Égypte, gb, ru, in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Abstract We compared three leading affinity-based and mass-spectrometry-based proteomic platforms (SomaScan11K, Olink Explore HT, Orbitrap Astral with Seer Proteograph [MS-Seer]) in a multi-ethnic Asian cohort, to inform biomarker discovery and functional genomic studies of global populations. We found limited overlap (1,740 proteins) across the three platforms, with modest correlations (0.34-0.10). SomaScan had lower missingness (<1%) and CV (<10%), compared to Olink (51%, 23%) and MS-Seer (12%, 19%). The new assays in Olink Explore HT (absent in Explore3072) primarily drove its higher missingness and CV. The number of phenotypic associations varied by trait, while the number of genetic associations ( cis- pQTLs at P<5e-08) were similar for Olink and SomaScan. Protein levels differed between ethnicities, with SomaScan identifying more ethnicity-differentiated proteins than Olink (FDR<0.05). Finally, SomaScan ANML normalization attenuated biologically relevant associations in our study. These findings underscore the importance of platform evaluation and data normalization strategies for application in large-scale, diverse population cohorts.

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Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: High-throughput plasma proteomic platforms: Insights from a multi-ethnic Asian cohort
Date Crossref: 24/10/2025
Éditeur: openRxiv
Type: posted-content

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Où se fait cette recherche

Nanyang Technological University pays non établi dans la notice
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Alnylam Pharmaceuticals (United States) pays non établi dans la notice
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Bayer (United States) pays non établi dans la notice
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Bayer (France) pays non établi dans la notice
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Imperial College London pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
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Structure de recherche
Bioinformatics Institute pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Institute of Bioinformatics pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif

Nanyang Technological University, Alnylam Pharmaceuticals (United States) et Bayer (United States), avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Égypte.

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