Exploring microbiome shifts across taxonomic and ecological groups of birds at a key stopover site in Punjab, Pakistan
Rattachement africain : cn, Afrique du Sud, pk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Birds are important vectors of microbial transmission across diverse habitats. yet their gut microbiome dynamics from South Asian migratory stopover sites remain poorly understood. This study presents the first comprehensive assessment of gut microbiome variation across avian ecological types during the late wintering period at the Ravi River Siphon, a stopover in Punjab, Pakistan. Using 16S rRNA gene sequencing, we profiled gut microbial characters of 41 bird individuals from 17 species representing seven avian orders. Alpha diversity differed significantly across both ecological types and taxonomic orders, while beta diversity showed overlapping communities, with limited group distinctions. Dominant phyla included Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteriota, Chloroflexi , and Bacteroidota , with notable group specific enrichments. LEfSe analysis identified five differentially abundant biomarker taxa across ecological types and seven orders, and PICRUSt2 based functional predictions revealed enrichment of pathways related to metabolism, immune function, and xenobiotic degradation, varying notably by ecological type/taxonomic orders. Importantly, we detected several potential zoonotic pathogens, including Enterococcus, Escherichia–Shigella, Acinetobacter , and Corynebacterium , highlighting the need for pathogen surveillance in avian populations. Our findings indicate that both ecology and host taxonomy are key determinants of avian gut microbiome composition, with taxonomic order showing a stronger influence on microbial structure. Together, these results provide the first region-specific baseline from a migratory stopover in Punjab, Pakistan, addressing a major geographic gap in avian microbiome research and offering essential data for future conservation and pathogen monitoring in dynamic wetland ecosystems.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Exploring microbiome shifts across taxonomic and ecological groups of birds at a key stopover site in Punjab, Pakistan
- Date Crossref
- 01/01/2025
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Chinese Academy of Sciences Biodiversity Conservation and Integrated Pest Management pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Beijing Forestry University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Key Laboratory of Bioresource Protection and Utilization of Anhui Province pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Anhui Normal University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of KwaZulu-Natal University of KwaZulu-Natal, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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University of the Punjab Institute of Zoology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Grassland Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Life Sciences Anhui Provincial Key Laboratory of Biodiversity Conservation and Ecological Security in the Yangtze River Basin pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Life Science Centre for Functional Biodiversity Pietermaritzburg, Afrique du Sud (pays nommé en fin d’affiliation)Université ou école supérieure
Biodiversity Conservation and Integrated Pest Management — University of Chinese Academy of Sciences, Beijing Forestry University et Key Laboratory of Bioresource Protection and Utilization of Anhui Province, avec 6 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
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