Long-read deep sequencing reveals high rates of multilineage transmission and rapid viral population changes in acute HIV infection
Rattachement africain : us, Afrique du Sud, se, gb, Kenya, th. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Understanding the selective forces acting upon HIV early in infection is crucial to design prevention strategies. By leveraging deep sequencing and the short diagnostic intervals of the FRESH and RV217 cohorts between the last-negative and first-positive RNA tests (median 4 days), we captured a precise and early snapshot of acute HIV infection. The frequency of multiple transmitted viruses of 37% in these as well as placebo recipients from the AMP trials (NCT02716675 and NCT02568215) was higher than previously published, with the true frequency likely to be higher. The relative abundance of lineages fluctuated substantially over time in two-thirds of the multilineage infections, generating uncertainty in identifying the specific viruses that were transmitted and founding the infection. At the population level, viral populations exhibited limited diversity and selection on the Gag and Env proteins at the earliest times examined, with sites inferred to be undergoing negative selection most evident. These data may help explain vaccination failures and provide new targets for prevention.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Long-read deep sequencing reveals high rates of multilineage transmission and rapid viral population changes in acute HIV infection
- Date Crossref
- 25/05/2026
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Washington Department of Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fred Hutch Cancer Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Cape Town HVTN Immunology Laboratory / Hutchinson Centre Research Institute of South Africa Cape Town, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Organisation à but non lucratif
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Henry M. Jackson Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Walter Reed Army Institute of Research U.S. Military HIV Research Program pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Santa Fe Institute pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Los Alamos National Laboratory Theoretical Division pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Cape Town Institute of Infectious Diseases and Molecular Medicine University of Cape Town, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Karolinska Institutet Department of Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ragon Institute of MGH pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Africa Health Research Institute Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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University College London Division of Infection and Immunity pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Microbiology — University of Washington, Fred Hutch Cancer Center et Cape Town HVTN Immunology Laboratory / Hutchinson Centre Research Institute of South Africa (Cape Town, Afrique du Sud), avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud, Kenya.
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