A scalable proteogenomic framework for dissecting phospho-signaling pathways in primary immune cells
Rattachement africain : se, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Signaling networks modulated by post-translational modifications orchestrate cellular responses to external cues. Traditional approaches to study these pathways lack the throughput to systematically capture the causal architecture of these signaling pathways at scale. Here, we present an integrated proteogenomic framework that combines saturating genetic perturbations with high-throughput proteomics to systematically map cytokine-induced signaling in primary human T cells. Supporting this framework is simplePhos , a streamlined, low-input phosphoproteomics workflow that enables scalable, time-resolved analysis without the requirement for specialized equipment or robotics. We extensively validate the simplePhos pipeline by applying inflammatory stimuli, including type I and II interferons, lipopolysaccharide, and Sendai virus to primary T cells and myeloid cells, establishing foundational datasets in these treatment contexts. Ultimately, using type I interferon signaling in genetically modified T cells as a model, we demonstrate that combined application of genetic alterations and proteomic analyses can map key signaling nodes in primary immune cells. This represents a powerful strategy to mechanistically interrogate phospho-signaling networks in human immune cells, with broad applications in translational immunology and therapeutic development.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A scalable proteogenomic framework for dissecting phospho-signaling pathways in primary immune cells
- Date Crossref
- 08/10/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Uppsala University Department of Surgical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Georgia Institute of Technology Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Emory University Emory Vaccine Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Piedmont Cancer Institute pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Boston University Department of Biochemistry and Cell Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Dana-Farber Cancer Institute Department of Medical Oncology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Harvard Medical School pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Surgical Sciences — Uppsala University, Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering — Georgia Institute of Technology et Emory Vaccine Center — Emory University, avec 7 autres affiliations.
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