Apport de l’investigation Faunistique chez le cas index probable d’une flambee nosocomiale de Fievre Lassa a Conakry

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Introduction La fièvre Lassa, infection à Arenavirus ayant pour réservoir le rat Mastomys, est endémique en Guinée. En Aout 2022 une flambée d’épidémie nosocomiale a éclaté à Conakry. Le cas index probable est décédé avant d’être prélevé. La présence de l’hôte réservoir étant un indicateur de la probabilité que les humains soient infectés, une investigation faunistique autour du cas index pour apporter des informations supplémentaires a été l’objet de ce travail. Methods Ont été utilisées la collecte de rats avec les pièges chairman, la RT-PCR pour la détection du virus Lassa (Altona diagnostics) chez les malades et les rongeurs puis le séquençage à l’aide de la technologie MinION (Oxford Nanopore) avec une approche métagénomique en combinaison avec l’analyse bioinformatique. Results Le virus Lassa a été identifié comme agent causal de l’épidémie. Des 16 prélèvements réalisés des cas contacts et/ou suspects, 6 ont été positifs (37,5%). Tous les cas confirmés sont du personnel médical et des contacts du cas probable index. Les contrôles ont permis de noter la disparition de la virémie pour 1, 2 et 2 personnes aux semaines 1, 2 et 4 respectivement. L’investigation de la faune dans l’environnement immédiat du cas index Douako à Kouroussa a permis de détecter 4 souches du virus Lassa à partir des pools de 55 Mastomys natalensis (7,27%). Le séquençage a permis d’obtenir 4 séquences complètes des souches humaines et une séquence faunistique complète. Toutes les souches humaines et faunistique appartiennent à la ligné IV du virus Lassa. La séquence obtenue à partir du rat présente suffisamment de différences génomiques par rapport aux séquences des souches humaines. Conclusion l’investigation faunistique prouve un fort portage du virus Lassa chez le réservoir dans l’environnement du cas index probable, des perspectives d’études approfondies sont envisagées.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.