TGx-DDI (toxicogenomic DNA damage-inducing) biomarker validation: multi-site ring trial supporting regulatory use
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Le résumé fourni par la source
Standard in vitro genotoxicity assays often suffer from low specificity, leading to irrelevant positive findings that require costly in vivo follow-up studies. The TGx-DDI (Toxicogenomic DNA Damage-Inducing) transcriptomic biomarker was developed to address this limitation by identifying DNA damage-inducing compounds through gene expression profiling in human TK6 lymphoblastoid cells. To qualify TGx-DDI as a reliable, reproducible biomarker for augmenting genotoxicity hazard assessment, a multi-site ring-trial was conducted across four laboratories using 14 blinded test compounds and standardized protocols. TK6 cells were exposed to three concentrations of each compound, followed by RNA extraction and digital nucleic acid counting using the NanoString nCounter platform. A three-pronged bioinformatics approach-Nearest Shrunken Centroid Probability Analysis, Principal Component Analysis, and Hierarchical Clustering-was used to assign DDI or non-DDI classifications. TGx-DDI demonstrated 100% sensitivity, 86% specificity, and 91% accuracy in distinguishing DDI from non-DDI compounds under validated test conditions. High interlaboratory concordance was observed (agreement coefficients ≥0.61), and transcriptomic data showed strong cross-site correlation (Pearson r > 0.84). The biomarker reproducibly classified test agents even when conducted across study sites. These results demonstrate that TGx-DDI is a robust and reproducible transcriptomic biomarker that enhances the specificity of genotoxicity testing by distinguishing biologically relevant DNA damage responses. Its integration into genotoxicity testing strategies can support regulatory decision-making, reduce unnecessary animal use, and improve the assessment of human health risks.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- TGx-DDI (toxicogenomic DNA damage-inducing) biomarker validation: multi-site ring trial supporting regulatory use
- Date Crossref
- 01/10/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Ottawa Department of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Health and Environmental Sciences Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Procter & Gamble (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Georgetown University Department of Oncology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Georgetown University Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Sanofi (France) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Sanofi (Germany) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Federal Institute for Drugs and Medical Devices pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Health Canada pays non établi dans la noticeOrganisme public
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The Procter & Gamble Company pays non établi dans la noticeEntreprise
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Inc Burleson Research Technologies pays non établi dans la noticeEntreprise
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Sanofi-Aventis Deutschland GmbH Translational Medicine Unit pays non établi dans la noticeEntreprise
Department of Biology — University of Ottawa, Health and Environmental Sciences Institute et Procter & Gamble (United States), avec 9 autres affiliations.
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