OTMol: Robust Molecular Structure Comparison via Optimal Transport
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Le résumé fourni par la source
Root-mean-square deviation (RMSD) is widely used to assess structural similarity in systems ranging from flexible ligand conformers to complex molecular cluster configurations. Despite its wide utility, RMSD calculation is often challenged by inconsistent atom ordering, indistinguishable configurations in molecular clusters, and potential chirality inversion during alignment. These issues highlight the necessity of accurate atom-to-atom correspondence as a prerequisite for meaningful alignment. Traditional approaches often rely on heuristic cost matrices combined with the Hungarian algorithm, yet these methods underutilize the rich intra-molecular structural information and may fail to generalize across chemically diverse systems. In this work, we introduce OTMol, a method that formulates the molecular alignment task as a fused supervised Gromov-Wasserstein (fsGW) optimal transport problem. By leveraging the intrinsic geometric and topological relationships within each molecule, OTMol eliminates the need for manually defined cost functions and enables a principled, data-driven matching strategy. Importantly, OTMol preserves key chemical features such as molecular chirality and bond connectivity consistency. We evaluate OTMol across a wide range of molecular systems, including Adenosine triphosphate, Imatinib, lipids, small peptides, and water clusters, and demonstrate that it consistently achieves low RMSD values while preserving computational efficiency. Importantly, OTMol maintains molecular integrity by enforcing one-to-one mappings between entire molecules, thereby avoiding erroneous many-to-one alignments that often arise in comparing molecular clusters. Our results underscore the utility of optimal transport theory for molecular alignment and offer a generalizable framework applicable to structural comparison tasks in cheminformatics, molecular modeling, and related disciplines.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- OTMol: Robust Molecular Structure Comparison via Optimal Transport
- Date Crossref
- 08/10/2025
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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North Carolina State University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Toronto Metropolitan University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New York University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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George Washington University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Mathematics pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Chemistry pays non établi dans la noticeInstitution
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Simons Center for Computational Physical Chemistry pays non établi dans la noticeInstitution
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Center for Research in Scientific Computation pays non établi dans la noticeInstitution
North Carolina State University, Toronto Metropolitan University et New York University, avec 5 autres affiliations.
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