Genetic Adaptation to Brackish Water and Spawning Season in European Cisco
Rattachement africain : se, cn, us, ee. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
How species adapt to diverse environmental conditions is essential for understanding evolution and the maintenance of biodiversity. The European cisco (Coregonus albula) is a salmonid that occurs in both fresh and brackish water, and this together with the presence of sympatric spring- and autumn-spawning lacustrine populations provides an opportunity for studying the genetics of adaptation in relation to salinity and timing of reproduction. Here, we present a high-quality reference genome of the European cisco based on PacBio HiFi long read sequencing and HiC-directed scaffolding. We generated low-coverage whole-genome sequencing data from 336 individuals across 12 population samples to explore population structure and genetics of ecological adaptation. We found a major subdivision between two groups of populations most likely reflecting colonisation from different glacial refugia. Within the two major groups, we detected further genetic differentiation between spring- and autumn-spawning populations and between populations from freshwater lakes, rivers and brackish water (Bothnian Bay). A genome-wide screen for genetic differentiation among populations identified a set of outlier SNPs strongly correlated with spawning timing and salinity. Several of the genes associated with spawning time, including BHLHE40, TIMELESS and CPT1A, have previously been shown to have a role in circadian rhythm biology. As many as 17 loci were associated with genetic differentiation between populations reproducing in fresh and brackish water. This study provides insights into the genomic basis of ecological adaptation in European cisco with implications for sustainable fishery management.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Genetic Adaptation to Brackish Water and Spawning Season in European Cisco
- Date Crossref
- 03/09/2025
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Uppsala University Department of Medical Biochemistry and Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Science for Life Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Hydrobiology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Swedish University of Agricultural Sciences Department of Aquatic Resources pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Swedish Museum of Natural History pays non établi dans la noticeInstitution
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KTH Royal Institute of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Stockholm University SciLifeLab pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Estonian University of Life Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Texas A&M University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Zoology pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Medical Biochemistry and Microbiology — Uppsala University, Chinese Academy of Sciences et Science for Life Laboratory, avec 9 autres affiliations.
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