Multi-omic assessment of mRNA translation dynamics in liver cancer cell lines
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Le résumé fourni par la source
The limited correlation between mRNA and protein levels within cells highlighted the need to study mechanisms of translational control. To decipher the factors that determine the rates of individual steps in mRNA translation, machine learning approaches are currently applied to large libraries of synthetic constructs, whose properties are generally different from those of endogenous mRNAs. To fill this gap and thus enable the discovery of elements driving the translation of individual endogenous mRNAs, we here report steady-state and dynamic multi-omics data from human liver cancer cell lines, specifically (i) ribosome profiling data from unperturbed cells as well as following the block of translation initiation (ribosome run-off, to trace translation elongation), (ii) protein synthesis rates estimated by pulsed stable isotope labeled amino acids in cell culture (pSILAC), and (iii) mean ribosome load on individual mRNAs determined by mRNA sequencing of polysome fractions (polysome profiling). These data will enable improved predictions of mRNA sequence-dependent protein output, which is crucial for engineering protein expression and for the design of mRNA vaccines.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Multi-omic assessment of mRNA translation dynamics in liver cancer cell lines
- Date Crossref
- 30/08/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Universitat Autònoma de Barcelona pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Basel Biozentrum pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital of Basel pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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ETH Zurich pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Molecular Biology and Biophysics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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SIB Swiss Institute of Bioinformatics pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Departament de Bioquímica i Biologia Molecular and Institut de Biotecnologia i Biomedicina pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Universitat Autònoma de Barcelona, Biozentrum — University of Basel et University Hospital of Basel, avec 4 autres affiliations.
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