Optimal sequencing depth for measuring the concentrations of molecular barcodes
Rattachement africain : fr, it, jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
In combinatorial genetic engineering experiments, next-generation sequencing (NGS) allows for measuring the concentrations of barcoded or mutated genes within highly diverse libraries. When designing and interpreting these experiments, sequencing depths are thus important parameters to take into account. Service providers follow established guidelines to determine NGS depth depending on the type of experiment, such as RNA sequencing or whole genome sequencing. However, guidelines specifically tailored for measuring barcode concentrations have not yet reached an accepted consensus. To address this issue, we combine the analysis of NGS datasets from barcoded libraries with a mathematical model taking into account the polymerase chain reaction amplification in library preparation. We demonstrate on several datasets that noise in the NGS counts increases with the sequencing depth; consequently, beyond certain limits, deeper sequencing does not improve the precision of measuring barcode concentrations. We propose, as rule of thumb, that the optimal sequencing depth should be about ten times the initial amount of barcoded DNA molecules before any amplification step.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Optimal sequencing depth for measuring the concentrations of molecular barcodes
- Date Crossref
- 27/08/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut de la Vision pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Sorbonne Université Institut de la Vision pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Istituto Nazionale di Fisica Nucleare pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Sapienza University of Rome pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Osaka pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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INFN pays non établi dans la noticeInstitution
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University of Rome ‘La Sapienza’ Physics department pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Rome 'La Sapienza' Physics department pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Osaka University Premium Research Institute for Human Metaverse Medicine (WPI-PRIMe) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Centre National de la Recherche Scientifique, Institut de la Vision et Inserm, avec 8 autres affiliations.
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