Accès ouvert déclaré 2025 article

Whole genome sequencing of historical specimens from the world's largest fungal collection yields high‐quality assemblies

Torda Varga, Roseina Woods, Frances Pitsillides, Rowena Hill, Alona Yu. Biketova, Theo Llewellyn, Brandon J. P. Shaw, Emily Hodgson, Jasmine Le, Alexander James Bradshaw, Sean Blake, Clementine Geeves, Quentin Levicky, Lottie Goodman, Ruben L. Mole, Sidney Reed, M. Carly Lin, Emily Read, Raquel Pino‐Bodas, László G. Nagy, Anna Bazzicalupo, Ester Gaya

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Rattachement africain : gb, hu, us, es. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

High-throughput molecular studies of museum specimens (museomics) have great potential in biodiversity research, but fungal historical collections have scarcely been examined, leading to no comprehensive methodological assessments. Here we present a whole genome sequencing (WGS) project conducted at the Fungarium of the Royal Botanic Gardens, Kew. DNA was extracted from 2104 specimens collected between 1770 and 2023, and we found that the specimen age had the smallest effect, while DNA purification and taxonomic identity had the greatest effect on DNA yield. We barcoded 771 specimens, and WGS was conducted on a subset of 394 specimens that were empirically selected for in-depth analysis. We developed an automated assembly pipeline, integrating 16 different approaches. Starting from 220 libraries (excluding lichenised specimens), we produced 3143 assemblies using these approaches and found that there is no universal assembly method that can provide good-quality genomes for all; rather, different approaches should be used depending on the library size and the specimen's age. Producing high-quality genomes from specimens over 100 yr old is possible by using customised DNA extraction protocols and applying a multimethod bioinformatic approach. Whole genomes from historical collections will enrich genomics resources, accelerating biodiversity and evolutionary research, amongst others.

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Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Whole genome sequencing of historical specimens from the world's largest fungal collection yields high‐quality assemblies
Date Crossref: 18/08/2025
Éditeur: Wiley
Type: journal-article

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Où se fait cette recherche

Royal Botanic Gardens pays non établi dans la notice
Institution
Earlham Institute pays non établi dans la notice
Structure de recherche
HUN-REN Szegedi Biológiai Kutatóközpont pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Imperial College London Department of Life Sciences pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Clark University Biology Department pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Universidad Rey Juan Carlos pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
These authors contributed equally to this work pays non établi dans la notice
Institution
Synthetic and Systems Biology Unit Institute of Biochemistry Synthetic and Systems Biology Unit pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Departamento de Biología y Geología Física y Química Inorgánica pays non établi dans la notice
Institution

Royal Botanic Gardens, Earlham Institute et HUN-REN Szegedi Biológiai Kutatóközpont, avec 6 autres affiliations.

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