scDNA-scRNA-seq (SDR-seq) v1
Rattachement africain : de. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
scDNA-scRNA-seq (SDR-seq) is a method that enables a targeted readout of both genomic and transcriptomic targets in thousands of single cells per experiment. It combines an in-situ reverse transcription (RT) step of fixed cells with a multiplexed PCR in an emulsion-based droplets using the microfluidic Tapestri device from MissionBio. A single-cell suspension is fixed with glyoxal, permeabilized and used to perform in-situ reverse transcription. This converts RNA to cDNA while adding unique molecular identifiers (UMIs), a sample barcode (sample BC) and a capture sequence to the cDNA. These cells containing cDNA and gDNA are used as an input for the Tapestri machine where cells are lysed, treated with proteinase K and mixed with reverse primers for each gDNA or RNA target in a first droplet. This droplet is then fused into a second droplet that contains PCR reagents, forward primers containing a capture sequence (CS) overhang and a cell barcoding bead with distinct cell barcode oligos and a matching CS. The multiplexed PCR amplifies gDNA and RNA targets simultaneously in each droplet while cell barcoding is ensured by the complementary CS in the forward primers and the cell barcode oligos. After breaking emulsions, separate NGS libraries for both gDNA and RNA can be generated by having distinct overhangs on the reverse primers (R2N Nextera for gDNA; R2 TruSeq for RNA). This enables to sequence each library at different sequencing depth and length.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- scDNA-scRNA-seq (SDR-seq) v1
- Date Crossref
- 30/01/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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European Molecular Biology Laboratory Genome Biology Unit pays non établi dans la noticeOrganisme public
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German Centre for Cardiovascular Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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German Cancer Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Heinrich Heine University Düsseldorf pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Medical Faculty of Heinrich- Heine-Universität Department of Oncology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Genome Biology Unit — European Molecular Biology Laboratory, German Centre for Cardiovascular Research et German Cancer Research Center, avec 3 autres affiliations.
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