robin2: accelerating single-cell data clustering evaluation
Rattachement africain : it, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Motivation: The rapid expansion of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technologies has increased the need for robust and scalable clustering evaluation methods. To address these challenges, we developed robin2, an optimized version of our R package robin. It introduces enhanced computational efficiency, support for high-dimensional datasets, and harmonious integration with R's base functionalities for robust network analysis. Results: robin2 offers improved functionality for clustering stability validation and enables systematic evaluation of community detection algorithms across various resolutions and pipelines. The application to Tabula Muris and PBMC scRNA-seq datasets confirmed its ability to identify biologically meaningful cell subpopulations with high statistical significance. The new version reduces computational time by 9-fold on large-scale datasets using parallel processing. Availability and implementation: The robin2 package is freely available on CRAN at https://CRAN.R-project.org/package=robin. Comprehensive documentation and a detailed analysis vignette are available on GitHub at https://drighelli.github.io/scrobinv2/index.html.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- <tt>robin2</tt>: accelerating single-cell data clustering evaluation
- Date Crossref
- 26/12/2024
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Istituto per le Applicazioni del Calcolo Mauro Picone pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Naples Federico II Department of Political Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Leeds pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Istituto per le Applicazioni del Calcolo “Mauro Picone” pays non établi dans la noticeInstitution
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School of Mathematics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Istituto per le Applicazioni del Calcolo Mauro Picone, Department of Political Science — University of Naples Federico II et University of Leeds, avec 2 autres affiliations.
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