Rapid Identification of Critical States in Complex Biological Processes Based on Single-Sample Community Detection
Rattachement africain : cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Accurate identification of critical states and their primary driving factors in complex biological processes is crucial for providing early warning signals of catastrophic shifts. Although existing methods based on dynamic network biomarkers (DNBs) have made some progress, they often fall short in fully utilizing the information from single-sample networks and struggle with the computational challenges posed by ultrahigh-dimensional data. Here, we introduce a comprehensive and rapid single-sample DNB method (crsDNB). It introduces a global community detection process and integrates it with a local network perspective to achieve self-adaptive identification of single-sample DNBs. In addition, it proposes targeted parallel optimization strategies to enhance computational efficiency. Validated using six transcriptomic datasets related to male aging and cancer, the crsDNB successfully identified critical states prior to decisive transitions, achieving significant improvements in both computational and biological significance metrics. Consequently, the crsDNB can identify personalized biomarkers for each sample more accurately and efficiently, providing a powerful new tool for determining critical states in complex biological processes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Rapid Identification of Critical States in Complex Biological Processes Based on Single-Sample Community Detection
- Date Crossref
- 01/08/2025
- Éditeur
- Tsinghua University Press
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Beijing Institute of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Semiconductors pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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also with School of Medical Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Key Laboratory of Brain Health Intelligent Evaluation and Intervention pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Tsinghua Science and Technology pays non établi dans la noticeInstitution
Beijing Institute of Technology, Institute of Semiconductors et also with School of Medical Technology, avec 2 autres affiliations.
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