Graph pangenome reveals structural variation dynamics during cucumber breeding
Rattachement africain : us, cn, sk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Structural variants (SVs) represent a significant yet underexplored component of plant genome diversity. Analyzing SV dynamics is essential for understanding their contributions to phenotypic variation and their influence on genome evolution. Here, we present a graph-based pangenome for cucumber, constructed from 39 reference-level genome assemblies. The pangenome captures 171,892 high-confidence SVs and enables genotyping of these SVs across 443 cucumber accessions, representing diverse geographic origins and spanning wild progenitors, landraces, and modern cultivars. Our analyses reveal that during cucumber domestication, a substantial portion of mildly deleterious SNPs are retained, whereas SVs are consistently purged, highlighting their potentially highly deleterious nature. During the geographic expansion of cucumber, a reduction in SV burden and a younger age of SVs than SNPs were observed, suggesting stronger purifying selection acting on SVs. Additionally, notable gene flow from wild population to African and European populations was detected, resulting in an increased SV burden, potentially due to hitchhiking effects. Importantly, incorporating SV burden into genomic prediction models improved the prediction accuracy for several agronomically important traits. This study illuminates the dynamics of SVs during cucumber domestication and improvement, highlights the complex interplay between SVs and selection pressures, and underscores the extensive implications of SVs for future cucumber breeding.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Graph pangenome reveals structural variation dynamics during cucumber breeding
- Date Crossref
- 21/07/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Cornell University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Vance Thompson Vision pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Boyce Thompson Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Ithaca College pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Xihu Institute of Electronic Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences pays non établi dans la noticeInstitution
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Syngenta (China) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Beijing Botanical Garden pays non établi dans la noticeInstitution
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Institute of Botany of the Slovak Academy of Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Botany pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Cornell University, Vance Thompson Vision et Boyce Thompson Institute, avec 9 autres affiliations.
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