Improved Visualization Method of DNA Sequences and its Application in Phylogenetic Analysis
Rattachement africain : cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
INTRODUCTION: With a large number of species' genomes assembled, sequence comparison has become an effective method for further studying biological classification and evolution. Traditional sequence alignment relies on predefined scoring functions, but it is computationally intensive and lacks molecular justification for scoring the differences between sequences. Therefore, we have developed a graphical representation method for DNA sequences to facilitate better sequence comparison and evolutionary analysis. METHOD: In this article, we introduce a novel method for representing DNA sequences using three-dimensional (3D) graphics. This method possesses two significant properties: (1) the graphical representation is acyclic; (2) each DNA sequence maintains a bijective relationship with its graphical representation. RESULT: Leveraging this proposed visualization method, we computed the corresponding ALE index for any DNA sequence by converting it into an L/L matrix and constructed a 12-dimensional feature vector. CONCLUSION: The feasibility of our proposed method has been validated through the construction of phylogenetic trees in four test sets: terrestrial vertebrates, hantavirus, fish and Japanese encephalitis virus.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Improved Visualization Method of DNA Sequences and its Application in Phylogenetic Analysis
- Date Crossref
- 01/07/2025
- Éditeur
- Bentham Science Publishers Ltd.
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Jinzhou Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Chinese PLA General Hospital Department of Pediatrics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Jilin University Department of Orthopedics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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First Hospital of Jilin University pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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The College of Health Humanities pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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NewInsyght Biotech (Guangdong) Co. pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
Jinzhou Medical University, Department of Pediatrics — Chinese PLA General Hospital et Department of Orthopedics — Jilin University, avec 3 autres affiliations.
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