Migração do sequenciamento de um exoma clínico previamente validado para a plataforma MGI DNBSEQ-G400: dados NGS de alta qualidade e elevada concordância com resultados esperados

Résumé fourni par la source

Objetivo: Esta validação visou transferir o processamento de um exoma clínico de 4700 genes relacionados a desordens hereditárias para o sequenciador DNBSEQ-G400 (MGI Tech Co.), avaliando a quantidade e a qualidade dos dados NGS gerados e a concordância na chamada de variantes, em comparação com o procedimento previamente validado no NextSeq-500 (Illumina, Inc.). Método: O DNA da saliva de 12 voluntários foi submetido ao preparo de bibliotecas e à captura dos genes contidos no Inherited Disease Panel, utilizando o xGEN DNA Library Prep and Hybridization Capture (Integrated DNA Technologies, Inc.). O conjunto de bibliotecas resultante teve os adaptadores convertidos e foi sequenciado no DNBSEQ-G400, com leituras de 2x150 bases. O alinhamento das sequências e a chamada de variantes foram realizados utilizando o software Dragen v.4.2.4 na plataforma EMEDGENE (Illumina, Inc.). Foram calculados os seguintes parâmetros para cada amostra: percentual de bases >Q30, total de leituras, percentual de leituras mapeadas, cobertura média, cobertura >20X e percentual de duplicatas. A quantidade e a medida-F das variantes chamadas (SNV e INDEL) no DNBSEQ-G400 foram comparadas com as obtidas no NextSeq-500. Os resultados são apresentados como mediana, com valores mínimos e máximos. Conclusão: O sequenciador DNBSEQ-G400 gerou 54.143.871 (31.912.278–72.109.870) leituras NGS, das quais 93,06% (93,03–93,22%) das bases apresentaram qualidade superior a Q30, e 99,1% (98,02–99,32%) mapearam no genoma humano, enquanto apenas 13,52% (12,37–15,09%) eram duplicatas. A cobertura média foi 397X (230X-537X). Foram identificadas 7.709 (7.437–8.028) variantes SNV e 344 (329–367) INDELs. A medida-F comparativa entre o DNBSEQ-G400 e o NextSeq-500 foi de 99% (98,5–99,5%) para SNVs e 82,3% (79,3–84,6%) para INDELs. O DNBSEQ-G400 demonstra alto desempenho na geração de dados NGS de qualidade e elevada concordância com os resultados esperados para DNA de saliva, indicando sua adequação para análises genéticas clínicas.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.