A pangenome reference of wild and cultivated rice
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Oryza rufipogon, the wild progenitor of Asian cultivated rice Oryza sativa, is an important resource for rice breeding1. Here we present a wild–cultivated rice pangenome based on 145 chromosome-level assemblies, comprising 129 genetically diverse O. rufipogon accessions and 16 diverse varieties of O. sativa. This pangenome contains 3.87 Gb of sequences that are absent from the O. sativa ssp. japonica cv. Nipponbare reference genome. We captured alternate assemblies that include heterozygous information missing in the primary assemblies, and identified a total of 69,531 pan-genes, with 28,907 core genes and 13,728 wild-rice-specific genes. We observed a higher abundance and a significantly greater diversity of resistance-gene analogues in wild rice than in cultivars. Our analysis indicates that two cultivated subpopulations, intro-indica and basmati, were generated through gene flows among cultivars in South Asia. We also provide strong evidence to support the theory that the initial domestication of all Asian cultivated rice occurred only once. Furthermore, we captured 855,122 differentiated single-nucleotide polymorphisms and 13,853 differentiated presence–absence variations between indica and japonica, which could be traced to the divergence of their respective ancestors and the existence of a larger genetic bottleneck in japonica. This study provides reference resources for enhancing rice breeding, and enriches our understanding of the origins and domestication process of rice. A pangenome of wild and cultivated rice accessions captures the entire set of non-redundant genes and diversity in rice, and provides insights into the pathways involved in the evolution of rice.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A pangenome reference of wild and cultivated rice
- Date Crossref
- 16/04/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Center for Excellence in Molecular Plant Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institute of Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Chinese Academy of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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China National Rice Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Shanghai Normal University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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State Key Laboratory of Plant Trait Design National Center for Gene Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Plant Genetics Laboratory and Comparative Genomics Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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State Key Laboratory of Rice Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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College of Life Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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